1962年2月19日帝国車両製の2次車で、昭和36年度本予算（残）で竹下気動車区に新製配置された。同一ロット39～42のうち、39～41が竹下へ配置された。竹下では長崎本線系統の急行の基本編成を中心に、各地へ向かう急行の付属編成等で広く活躍を開始した。1962年10月には大分へ転出し、日豊本線や久大本線の急行で活躍するようになる。キハ58系では早期の1969年6月21日付で冷房化及び4VK電源装置取り付けを実施し2039へ改番されたが、同年度中に需給の関係で鹿児島へ転属した。鹿児島では急行「青島」等、日豊本線系統の幹線急行で活躍したが、電化の進展とともに次第にローカル急行のみの運用となり、「55-10改正」で南九州の急行が快速に格下げされると、快速や普通列車のみで活躍した。「59-2改正」では都城との間で車両交換があり、1984年2月1日付で都城へ転属した。都城では急行「えびの」や普通列車で活躍した。国鉄最後の「61-11改正」では、志布志に集まっていた老朽気動車を置き換えるため1986年11月1日付で志布志へ転属するが、1987年3月までに志布志線・大隅線が廃止され志布志機関区も廃止されると鹿児島へ運用は統合され、1987年3月に鹿児島へ転属しそのままJR九州へ継承された。JR化直後には竹下へ移動し博多近郊の普通列車で使用されるようになった。そして1988年9月2日付で九州色へ塗り替えられている。1989年3月には長崎のキハ47と車両交換があり、当車は1989年3月11日付で長崎へ転属した。長崎では新設された快速「シーサイドライナー」をはじめとして、長崎本線・大村線系統の普通列車で使用された。1992年7月15日のダイヤ改正では急行「由布」「火の山」が特急格上げされ、これに使用されていたアコモ改造車が長崎の快速「シーサイドライナー」用として大量に転入したことから、当車は玉突きで大分へ転出した。大分では原形シートのままで活躍し、豊肥本線・久大本線の非ワンマン列車で使用された。久大本線のワンマン運転開始後も引き続き使用され、1997年には香椎線へのキハ200投入に伴う車両転配で相棒のキハ58は若番の原形シート車から後期車の近郊化改造車へ後退したが、キハ28はもともと絶対数が少なかったことから代替車が無く、そのまま継続して使用された。しかし最期は2001年10月に筑豊本線・篠栗線が電化された際に大幅な車両転配が行われた際に余剰となり、2002年3月22日付で廃車となった。

前面は、九州タイプの前面補強が施工されている。ワイパーは強化型のWP50へ改造され、それに伴い運転席窓下の手すりが若干下に移動しているのは九州では標準形である。ステップの位置や制御用KE53ジャンパ受栓の位置等は、九州標準の形態である。放送用ジャンパ受栓は、小倉工場で多く見られる、タイフォン上部へ移設されている。タイフォンカバーは、スリット状ながら、下部の形状が若干異なる、九州タイプを装備する。正面窓上の雨どい・通風口は原形のまま残っている。竹下・大分時代特有の「タウンシャトル」の逆台形状のヘッドマーク受けが取り付けられている。
側面は、3位側側面に4VK発電セットの吸気口が設置されている。運転席側窓バランサー点検蓋が追設されている。乗降扉の点検蓋は、キハ40系と似た形態のユニット式へ改造されている。
屋根上は、全ての通風器が撤去されており、晩年の九州の特徴である。
床下では、前位側へスカートの取り付けが行われているのは九州の共通事項であるが、当車は助手席側のみのタイプである。機関は原形のDMH17Hエンジンを装備しているが、機関予熱器は撤去されている。2000番台であり4VK発電セットを取り付けている。

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